Gracias a la pujanza del puerto, el nuevo barrio de la Pescadería crece rápidamente, y el estrecho espacio que ofrece el recinto amurallado del Parrote se queda pequeño. El puerto se va extendiendo hacia el interior de la bahía y la ciudad queda configurada en dos barrios: la ciudad alta, amurallada y sede de las instituciones, y la ciudad baja o Pescadería, donde se concentran los pescadores y mercaderes, pues las actividades portuarias encuentran allí espacios de fácil acceso a los puntos de carga y descarga.

Muy pronto este barrio adquiere pujanza y supera en número de habitantes a la Ciudad Alta, que lucha por no perder su control del comercio portuario. Tras el descubrimiento de América, A Coruña adquiere la exclusividad para el tráfico con las Molucas y otras áreas con especias, contando con una Casa de Contratación.

Comienza en esa época la fortificación de la ciudad para la defensa de la bahía, con tres castillos que cubren el área del puerto, y se inicia la construcción de un fuerte en la isla de San Antón y un astillero en el Parrote, levantado para la construcción de la flota.

Finalmente, a partir de la segunda mitad del siglo XVI A Coruña pasa a ser Plaza Fuerte, cobrando más importancia la actividad militar que la comercial. Su ubicación estratégica es fundamental en las guerras con Francia, Inglaterra y Flandes. Es en 1563 cuando Felipe II establece en la ciudad las sedes de la Capitanía General y la Real Audiencia, dándole el título a A Coruña de “fuerza y guarda del Reino de Galicia”.