A Coruña se convierte en la primera ciudad de Galicia y el puerto mantiene su hegemonía con los tráficos de la emigración y la pesca, alcanzando el séptimo puesto en España en recaudación por comercio y cabotaje. Ante este crecimiento se hace necesario mejorar las infraestructuras portuarias y en 1867 se aprueba el proyecto de la Dársena, obra del ingeniero de Caminos Celedonio de Uribe. El objetivo es dar abrigo a las embarcaciones frente a los temporales. Finalmente, el proyecto definitivo no se ejecutaría hasta 1906, firmado por Eduardo Vila. Este ingeniero fue el autor del Muelle de Hierro en 1870, que se convertiría en el símbolo de la industrialización de la ciudad. Sin embargo, su ancho no era suficiente y no protegía de los vientos del sur, lo que ocasionaba grandes golpes a los buques. Finalmente sería desmantelado en 1914.

En 1877 se crea la Junta de Obras del Puerto, con el fin de proyectar y construir nuevas infraestructuras portuarias. Su primer ingeniero director, Alfredo Álvarez Cascos, inicia los estudios para transformar el recinto, cogiendo el testigo después de este ambicioso proyecto el ingeniero Eduardo Vila y Algorri, que firma en 1887 el anteproyecto general del puerto. Consiste en dividir la bahía en tres dársenas separando las embarcaciones según su porte y destino de la mercancía. A finales del siglo XIX, entre 1894 y 1909, se construirían los muelles de Linares Rivas, Santa Lucía, La Palloza y el Muelle del Este, que conformarían en el primer cuarto del siglo XX la imagen del puerto.